Staten og Nordland fylkekommune har anmeldt Nordtrafikkonsernet for uberettiget å ha mottatt for mye offentlig tilskudd til ferjedriften mellom henholdsvis Melbu - Fiskebøl og Hanøy - Kaljord. Forholdet gjelder perioden fra 1995 til 2003. I november 2005 ble det inngått forlik mellom Staten/Nordland fylkeskommune og Nordtrafikk AS om tilbakebetaling av uberettiget krevd og mottatt beløp, til sammen ca kroner 22 millioner, renter inkludert. Nordtrafikk Maritim AS, Nordtrafikk Buss AS, styreformann/administrerende direktør, samt den tidligere økonomisjefen er tiltalt i denne delen av saken. Nordtrafikk Buss AS er tiltalt fordi ferjedriften inntil 2001 lå i dette selskapet. Deretter la man ferjedriften inn i det nystiftede selskapet Nordtrafikk Maritim AS.
Nordland og Troms fylkeskommuner anmeldte i slutten av 2005 Nordtrafikkonsernet for uberettiget å ha mottatt for mye offentlig tilskudd til drifting av busstjenester. ØKOKRIMs etterforsking har resultert i tiltale mot Nordtrafikk AS, Nordtrafikk Buss AS, styreformann/administrerende direktør og økonomisjef i Nordtrafikkonsernet, samt den tidligere driftssjefen som hadde ansvaret for bussrutene. Bakgrunnen for at Nordtrafikk AS er tiltalt er at bussdriften tidligere lå i et selskap som i løpet av 2001 ble innfusjonert i Nordtrafikk AS. Denne delen av tiltalen beløper seg til ca 20,8 millioner kroner