EFE sin primære oppgave er å motta rapporter om mistenkelige forhold (MT-rapporter) fra rapporteringspliktige etter hvitvaskingsloven, bearbeide, berike og analysere denne informasjonen og videreformidle dette til politi, tilsyns og kontrollmyndigheter, samt utenlandske samarbeidene tjenester.
EFE er et nasjonalt kompetansesenter for spørsmål relatert til hvitvasking, terrorfinansiering og finansiering av masseødeleggelsesvåpen. Enheten holder løpende kontakt med aktuelle samarbeidspartnere for å bidra til kompetanse- og metodeutvikling i politiet og hos de rapporteringspliktige. EFE deltar også i aktuelle internasjonale fora hvor ulike problemstillinger innenfor disse områdene behandles, blant annet i FATF (Financial Action Task Force) og Egmont Group.